أنشئ قسم الكيمياء في أيلول / سبتمبر 1991، متزامناً مع افتتاح الجامعة. يطرح قسم الكيمياء في جامعة البترا برنامجا للحصول على درجة البكالوريوس في الكيمياء، وبرنامجا آخرا للحصول على درجة الماجستير في الكيمياء. كما يطرح القسم مواد الكيمياء اللازمة لتلبية احتياجات طلبة كلية طب الأسنان وكلية الصيدلة والعلوم الطبية، وكلية الهندسة.
يسعى تخصّص الكيمياء إلى تزويد الطالب بالمعارف والمهارات اللازمة لدراسة خواصّ المواد، وسلوكها، وتفاعلاتها، وطرق تحويلها إلى مواد مفيدة لشتى الاستخدامات في مجالات الحياة المختلفة. كما يسعى إلى تزويد طلبته بفهم أفضل للعالم الذي نعيش فيه، وتفسير الكثير مما يدور فيه، من خلال الاهتمام بالجوانب التطبيقية والصناعية، وتقديم الحلول للمشكلات الإنسانية في مجالات الأغذية، والكِساء، والدواء، والبيئة.
يقيم القسم برامجه الدراسية على دعامتين اثنتين: الأولى؛ الجوانب النظرية في الكيمياء بمختلف فروعها (العضوية، وغير العضوية، والفيزيائية، والتحليلية) والثانية، الجوانب التطبيقية التي تقوم بتدريب الطلبة على إجراء التجارب والاختبارات العملية.
يشمل القسم مجموعة من المختبرات المتميزة، المُجهزة بأحدث الوسائل والتقنيات التي تلبّي احتياجات التدريس لطلبته وطلبة الأقسام الأخرى.
يمكن لخرّيجي قسم الكيمياء أن يعملوا في العديد من المجالات، منها: التدريس، ومختبرات البحث، والتطوير، والتحليل، ومراقبة الجودة، والإشراف على عمليات الإنتاج في الصناعات الكيميائية والدوائية، والخدمات البيئية، وهيئات المواصفات والمقاييس.
يتوفر في القسم مختبر للأبحاث، مزود بأحدث أجهزة التحليل لخدمة النشاط البحثي لأعضاء هيئة التدريس والطلبة على حد سواء، حيث يقوم الطلبة في مراحلهم المتقدمة بعمل مشاريع أبحاث في مجالات التخصص المختلفة.
وقد أنشأ طلبة قسم الكيمياء نادٍ للكيمياء والبيئة، يقوم بعمل أنشطة تطوعية متنوعة، كما ينفذ القسم نشاطات محلية على مستوى المملكة مثل "الأولمبياد الكيميائي الأردني"، ويحتفي سنويا بمناسبة "أسبوع الكيميائي العربي" عن طريق تنفيذ فعاليات كيميائية متنوعة.
وقد توج قسم الكيمياء في جامعة البترا إنجازاته بحصوله على اعتماد برنامج بكالوريوس الكيمياء، من هيئة الاعتماد الألمانية الأوروبية(ASIIN) ، التي تتخذ من مدينة دوسلدورف في ألمانيا مقراً لها، وبذلك يكون أول قسم كيمياء في الجامعات الأردنية يحصل على هذا الاعتماد، حيث ينسجم جوهر هذا الاعتماد الدولي مع المستوى السادس في إطار المؤهلات والمقاييس الأوروبية للتعلم مدى الحياة (EQFLLL)، وهو يمنح للتخصصات التي تطبق المعايير الأكاديمية والمهنية بمستوى عال،هذا وقد حصل برنامج بكالوريوس الكيمياء في عام 2025 على الاعتماد الأردني من هيئة الاعتماد وضمان الجودة كأول قسم كيمياء في الجامعات الرسمية الأردنية، بعد أن أنهى تسكين برامجه وفق الإطار الوطني للمؤهلات"
ويؤثر هذا الاعتماد إيجابيا على اعترافات الدول الأخرى بالبرنامج، كما يؤثر إيجابيا على قبول خريجي القسم في برامج الدراسات العليا في الجامعات الأوروبية، حيث تميل تلك الجامعات إلى تفضيل الطلبة الذين تخرجوا من برامج معتمدة.
وسيفتح هذا الاعتماد آفاقاً جديدة لقسم الكيمياء، كالتبادل الأكاديمي الدولي بين أعضاء هيئة التدريس، وطلبة قسم الكيمياء ونظرائهم في الجامعات الأوروبية، كما سيمنح طلبة قسم الكيمياء - بالإضافة إلى الشهادة الجامعية من جامعة البترا- ملحق الشهادة (Diploma supplement) حسب النظام الأوروبي، كما سينضّم قسم الكيمياء من خلاله إلى الشبكة الأوروبية لتعزيز التعاون العلمي بكافة أشكاله البحثية، وسيعود بنفعٍ كبير على خريجي القسم في تعزيز فرصهم للعمل في أوروبا والعالم.
ويعد الحصول على هذا الاعتماد الألماني إضافة إلى سجل إنجازات جامعة البترا في الحصول على الاعتمادات الدولية والمحلية، الأمر الذي من شأنه تعزيز مكانة جامعة البترا العلمية، وتعزيز كفاءة مخرجاتها التعليمية.